억울한 일을 당하셨군요.
사업장에서 근로자가 근무하다가 기물파손 등으로 사업주에게 손해를 끼쳤어도 이 때문에 임금을 미지급할 수는 없습니다. 따라서 이를 이유로 임금을 지급하지 않는다면 사업장 소재지 관할지방노동사무소에 임금체불을 이유로 진정하셔서 미지급 임금을 받을 수 있습니다.

이와 별도로 사업주가 차량파손을 이유로 사업주에게 손해배상을 청구하는 것은 가능합니다. 그러나 회사 차량이었고, 업무중의 사고 였다는 점, 그리고 사업주가 보험을 가입하지 않았다는 점, 및 근로자의 과실 등의 정도를 종합해서 손해배상액을 산정하는 것이므로 근로자가 전액 혹은 반이상을 부담할 가능성은 매우 희박합니다. 그리고 사업주가 근로자에게 소송을 통해 민사배상을 청구해야만 가능합니다. 즉, 법적으로 다투지 않는다면 근로자는 손해를 배상하지 않아도 된다는 것입니다. (혹 회사에 위와 같은 규정이 있는지 확인을 해 보십시오. 관련 규정이 있다면 이에 따라야 합니다.)

그러나 법적 판단이 위와 같다고 해도 사업주와 근로자의 관계, 실업란 등의 여러 사회적 요소를 고려할때 지혜롭게 대처하기란 힘듭니다. 답변이 도움이 되셨길 바라며 궁금하신게 더 있으시면 또 연락주십시오.