저희 회사는 1988년부터 격주휴무제를 실시하였습니다.
한주는 40시간, 한주는 48시간 일하는 것인데
지난해 노동조합에서 48시간 일하는 주 토요일 오후4시간에 해당하는
연장수당을 지급할것(판례에 나온것을 보고 우리에게도 해당되는 사항)을 회사측에 요구하는 단체교섭을 하였습니다.

회사는 격주휴무제를 실시할 당시 노동조합과 합의하였고
지금까지 아무 문제없이 실시하여왔다고는 하나
문서로 남아있는게 회사나 노동조합에 없기에 노동조합에서는
토요일 오후4시간분의 연장수당을 지급할것을 요구하다가
회사측에서 응하지 않아 노동부에 고소고발하였고
노동사무소에서 중재하였으나 받아들여지지 않아
결국 검찰로 넘어갔습니다.
(근로감독관은 지급해야 한다는 소견을 올렸다고 합니다.)

그런데 최근 검찰에서 근기법위반 사항에 대해 "혐의없음"이란
판결을 내렸습니다.
담당 검사와 통화해본즉 형법상으로는 고의로 지급하지 않은게 아니기 때문에 혐의가 없다라고 하였습니다. 참고인 진술서로 당시 노동조합 위원장의 진술을 회사측에서 확보하였다고 합니다.

또한 이 문제가 불거지면서 회사는 취업규칙에 격주휴무제 실시 조항을 넣어 노동조합의 동의없이 노동부에 신고하였고 격주휴무제를 일시 폐지하였다가(역시 노동조합의 동의없이 일방적으로 시행) 이번 검찰결과에 따라 다시 격주휴무제를 실시할것을 요구하고 있습니다.

여러 경로로 파악하건대 격주휴무제를 실시할 당시가 탄력적 근로제가 도입되는 시점이어서 판단하기 애매한 부분이 있다고 합니다.
따라서 노동조합에서는 이 문제를 민사로 넘어갈지 고민하고 있습니다.

얘기가 길었는데 이 문제에 대해 도움이 될 만한 의견을 듣고자 하오니
빠른 시일안에 답변해 주시면 정말 고맙겠습니다.